En el lateral izquierdo del templo encontramos un pequeño apartado, la capilla penitencial. Es el lugar reservado al sacramento de la reconciliación, el sacramento instituido por Jesucristo para borrar los pecados cometidos después del bautismo. No es lugar de juicio, sino de misericordia; no es lugar de humillación, sino de reconciliación. La confesión es un don incomparable porque nos permite volver a ponernos en camino en la senda de la santidad, que es el estado natural de los cristianos.
La capilla está presidida por un Jesús crucificado, el que cargó sobre sí todos nuestros pecados y los sepultó con su muerte y resurrección. Encontramos dos confesionarios de madera, razonablemente amplios, cómodos e insonorizados para proteger la intimidad de quien se acerca a la confesión. Su estructura es de madera con un techo en forma de cúpula, imagen del cielo, coronado por una cruz sujeta a la bola del mundo, signo de que la misericordia de Dios alcanza toda la creación.
Cada uno de ellos tiene una sede, un reclinatorio y una rejilla entre el penitente y el confesor. En la puerta inferior está grabado un crismón, monograma del nombre de Cristo (XP), proveniente de las dos primeras letras del nombre de Cristo en griego (xpristós).